Nachdem 1594 für alle reformierten Hochstifte erstmals durchwegs die Domkapitel und nicht die Administratoren zum Reichstag geladen worden waren196, kam es in Regensburg bereits vor der Verhandlungsaufnahme zu Problemen, weil sich die Gesandten dieser Hochstifte bei ihrer offiziellen Anmeldung in der Mainzer Kanzlei dennoch auf Vollmachten der Administratoren stützten und sich für diese akkreditieren wollten. Weitere Differenzen ergaben sich um die Zulassung von Ständen, deren Reichsstandschaft von anderen Territorialherren negiert wurde.

Was die reformierten Hochstifte betrifft, so scheiterte der Akkreditierungsversuch der Magdeburger Gesandten für Administrator Joachim Friedrich zunächst am 6. 5. 1594 in der Mainzer Kanzlei und anschließend am 21. 5. bei Kurfürst Wolfgang von Mainz persönlich: Beide Male wies Mainz die Magdeburger Vollmacht zurück197, da der Kaiser das Reichstagsausschreiben nicht an den Administrator, sondern an das Domkapitel gerichtet habe. Die Magdeburger Verordneten beharrten dennoch auf dem Zugang zum Reichstag, sie verzichteten sodann aber in den Verhandlungen mit dem Kaiser vorerst auf die Session, um die Eröffnung der Reichsversammlung zu ermöglichen. Da ihr späterer Versuch, den Anspruch via facti durchzusetzen, erfolglos blieb198, verließen sie im Anschluss auf das ihnen daraufhin am 22. 7. 1594 übergebene Dekret des Kaisers am 1. 8. den Reichstag199.

Wies die Mainzer Erzkanzlei demnach die Magdeburger Vollmacht rundweg zurück, so verfuhr sie mit jenen der Administratoren anderer reformierter Hochstifte zurückhaltender: Die von Herzog Heinrich Julius von Braunschweig"–Wolfenbüttel als „postulirter bischoff“ von Halberstadt für Kanzler Dr. Tobias Paurmeister und Christoph von der Lippe, Kämmerer und Sekretär des Hochstifts, ausgestellte Bevollmächtigung200 wurde von diesen der Mainzer Kanzlei am 9. 5. 1594 vorgelegt und dort akzeptiert, allerdings gemäß Kanzleivermerk im Akkreditierungsprotokoll nur bedingt: „Ist anderst nitt, dann quatenus et in quantum angenommen; also auch zur sachsischen cantzley bericht geschehen, ansagens halb201 nichts vorzunemen“202. Am 3. 6. 1594 akkreditierte sich Hermann von der Becke mit zwei Kreditiven für Herzog Johann Adolf von Holstein als postulierter und erwählter Erzbischof von Bremen und Bischof von Lübeck203 sowie für Herzog Philipp Sigismund von Braunschweig"–Wolfenbüttel als postulierter Bischof von Verden und Osnabrück204. Beide Vollmachten für die vier Hochstifte wurden vom Mainzer Kanzler „anders nitt angenommen, dann quatenus et in quantum sie von wegen beschreibung zum reichstag geben [!] mögen“205. Bereits am 20. 5. 1594 wollten sich die Mecklenburger Gesandten Kling und Grassus für das Hochstift Ratzeburg anmelden, jedoch ohne Vorlage einer Vollmacht und, folgt man dem Mainzer Akkreditierungsprotokoll206, ohne Nennung des Administrators Karl207, Herzog von Mecklenburg. Da gemäß dem Bericht der Gesandten der Mainzer Kanzler auf einer eigenständigen Bevollmächtigung für Ratzeburg bestand208, konzipierten sowohl Kling und Grassus als auch Administrator Karl ein entsprechendes Kreditiv, lautend auf die beiden Gesandten, in dem sich der Administrator auf seine Einladung zum Reichstag durch den Kaiser berief, ungeachtet dessen, dass sich das Ausschreiben an das Ratzeburger Domkapitel gerichtet hatte209. Auch diese Vollmacht, die in Regensburg erst am 5. 8. 1594 vorgelegt wurde, akzeptierte die Mainzer Kanzlei nur bedingt: „Diesser gewaldt ist anderst nitt, dan nisi quatenus et in quantum etc. absque cuiusque praeiudicio angenommen worden“210.

Demnach ist die Aussage, die Vollmachten der anderen protestantischen Hochstiftsadministratoren seien im Gegensatz zum abgelehnten Magdeburger Kreditiv akzeptiert worden211, zumindest zu relativieren. Die Tendenz hin zur Ablehnung belegt zudem der Sessionsverzicht des Gesandten Hermann von der Becke für die Stifte Bremen, Lübeck, Osnabrück und Verden212. Der Halberstädter Deputierte Paurmeister behauptete gegenüber den Kurbrandenburger Gesandten, seine Vollmacht sei von der Mainzer Kanzlei zurückgewiesen worden; er verzichtete auf die Teilnahme an der Reichstagseröffnung und verließ sodann Regensburg bald213. Im Fürstenrat wurde keine eigene Session für Halberstadt beansprucht und das Halberstädter Votum erst ab 23. 7. durch Braunschweig"–Wolfenbüttel als Wiederholung der eigenen Stimme vorgebracht214. Wichtiger Beleg für die aus kaiserlicher und katholischer Sicht erfolgreiche Abwehr der Zulassungsbemühungen der reformierten Hochstifte ist schließlich, dass keines davon weder namens des Administrators noch des Domkapitels in der Subskription des Reichsabschieds als der zentralen Manifestierung der Session beim Reichstag erscheint.

Für das Hochstift Straßburg hatte der Kaiser wegen des Konflikts zwischen dem konfessionell geteilten Domkapitel einerseits und den beiden Prätendenten um den Bischofsstuhl andererseits von der Einladung zum Reichstag abgesehen215. Dennoch wollte sich Stephan Berchtold, der Verordnete Markgraf Johann Georgs von Brandenburg als Administrator von Straßburg, am 7. 5. 1594 beim Mainzer Kanzler offiziell als Reichstagsgesandter anmelden und seine Vollmacht übergeben. Da der Kanzler die Annahme ablehnte, hat Berchtold „solchen vermeinten gewaltt uff einen stul geworffen und sich darüber die stigen hinab gemachett. Lige also daselbst noch“216. Joseph Bilonius, der Gesandte Kardinals Karls von Lothringen, des vom katholischen Teil des Straßburger Domkapitels gewählten Bischofs, beim Reichstag akkreditiert in dessen Position als Bischof von Metz, wandte sich als Reaktion auf den Anmeldeversuch Berchtolds am 12. 5. 1594 an den Mainzer Kanzler, um für den Fall, dass Markgraf Johann Georg sich die Session für das Hochstift anmaßen würde, „darwider zuprotestieren und gleichfals umb einraumung beruter session anzuhaltten“. Der Mainzer Kanzler verwies Bilonius auf die Zurückweisung der von Berchtold vorgelegten Vollmacht, ließ den Fortgang der Sessionsfrage aber noch offen217. Bilonius verfügte speziell dafür über eine Vollmacht Kardinal Karls als Bischof von Metz und Straßburg218, die ihn ermächtigte, gegen den Sessionsanspruch des Markgrafen zu protestieren, die Straßburger Session für den Kardinal als rechtmäßigen Bischof einzufordern und sie im Fürstenrat wahrzunehmen. Die Einreichung dieser Vollmacht unterblieb, wohl auch infolge des beiderseitigen Sessionsverzichts im Anschluss an die Debatte im Fürstenrat am 6. 6. 1594219.

Für die ebenfalls nicht zum Reichstag beschriebene Stadt Aachen hielten sich Verordnete sowohl des amtierenden protestantischen Rates als auch des katholischen Exilregiments in Regensburg auf220. Wenngleich sich keine Seite akkreditierte, nahmen die protestantischen Vertreter zumindest in der Anfangsphase des Reichstags am Städterat teil.

Was die eingangs angesprochenen Differenzen um die Zulassung von Ständen, deren Reichsunmittelbarkeit bestritten wurde, betrifft, hatte sich am 24. 5. 1594 Abt Jakob Köplin von St. Ulrich und Afra zu Augsburg durch Johann Schiller (Schilher), Sekretär des Abts von St. Emmeram in Regensburg, in der Mainzer Kanzlei anmelden lassen221. Dagegen legten die Gesandten Bischof Johann Ottos von Augsburg, Balthasar von Hornstein und Dr. Christoph Schilling, gemäß dessen Auftrag222 am 7. 6. 1594 einen notariell beglaubigten Protest ein223, mit dem sie sich bei der Mainzer Kanzlei gegen die Annahme der Vollmacht des Abts verwehrten, da dieser damit neuerlich versuche, sich der Superiorität des Hochstifts zu entziehen, obwohl sein Bestreben, sich Zugang zum Reichstag zu verschaffen, bereits 1582 mit Darlegungen, wonach er zweifelsfrei dem Hochstift Augsburg unterstehe, zurückgewiesen worden sei224. Sollte die Mainzer Kanzlei die Rückgabe der Vollmacht ablehnen, wurden die Augsburger Gesandten beauftragt, erneut dagegen zu protestieren, da das Stift St. Ulrich kein Reichsstand sei, über keine Session bei Reichs- und Kreisversammlungen verfüge und weder in der Reichsmatrikel noch in Reichsabschieden zu finden sei. Johann Schiller verzichtete daraufhin zwar auf die Wahrnehmung der Session für Abt Jakob225, reichte aber gemäß dessen Weisung vom 19. 6. 1594 am 4. 7. einen Gegenprotest ein226, in dem er auf der Reichsunmittelbarkeit der Abtei beharrte und die Zulassung in den Fürstenrat sowie die Aufnahme des Abts in den Reichsabschied forderte. Replizierend richtete der Augsburger Gesandte Schilling am 26. 7. 1594 ein Memoriale an Kurfürst Wolfgang von Mainz227, in dem er sich in der Ablehnung des Gegenprotests auf die Argumentation im eigenen Protest berief und bat, wie 1582 weder den Abt noch dessen Gesandten im Reichsabschied zu berücksichtigen, auch weil dieser selbst auf die Wahrnehmung der Vollmacht verzichtet habe. Kurfürst Wolfgang sagte zwar nur allgemein zu, „die gebür, sovil in dero mächten stüende, hierunder zuverfüegen“228, doch hatten die Augsburger Einwände letztlich Erfolg: Der Reichsabschied nennt den Abt von St. Ulrich und Afra nicht.

Für Abt Sebastian Faber von Kaisheim akkreditierte sich am 7. 5. 1594 der Augsburger Advokat Dr. Georg Tradel in der Mainzer Kanzlei229. Obwohl Pfalzgraf Philipp Ludwig von Neuburg dagegen protestierte, da Kaisheim „immediate unnder dem fürstenthumb Neuburg gelegen“ und der Streit um den landständischen Status des Klosters noch am Reichskammergericht anhängig sei230, und wenngleich die Neuburger Gesandten den Protest im Fürstenrat bei der Verlesung des Konzepts für die Subskription des Reichsabschieds wiederholten231, wurde der Abt von Kaisheim im Gegensatz zu St. Ulrich und Afra dort berücksichtigt232.

Die Württemberger Gesandten protestierten bei ihrer eigenen Anmeldung in der Mainzer Kanzlei am 29. 4. 1594 gegen die Ladung der Klöster Maulbronn, Bebenhausen und Königsbronn zum Reichstag, weil „doch notorium, daß Württemberg solche clöster im Reichs anschlag verdrette“, namentlich Bebenhausen bisher niemals ein Ausschreiben erhalten habe und gegen die Ladung von Maulbronn und Königsbronn schon 1576 und 1582 protestiert worden sei233. Die Jülicher Gesandten verwahrten sich namens des Herzogs kurz vor Schluss der Reichsversammlung mit einer Eventualprotestation gegen die Gültigkeit einer etwaigen Akkreditierung des persönlich in Regensburg anwesenden Grafen Hermann von Manderscheid-Blankenheim234 als Reichsstand mit der Grafschaft Blankenheim, da diese dem Fürstentum Jülich unterstehe. Mit dem Protest verbanden sie die Bitte, den Grafen nicht in die Subskription des Reichsabschieds aufzunehmen235. Bereits vor dem Reichstag sollte die oberösterreichische Regierung im Auftrag Erzherzog Ferdinands II. in Erfahrung bringen, ob die Äbtissin des Damenstifts Säckingen ein Ausschreiben erhalten hatte, nachdem er 1576 gegen die damalige Beschreibung des seiner Landesobrigkeit unterstehenden Stifts interveniert hatte236.

Anderweitige Differenzen um Zulassung und Akkreditierung resultierten zum einen aus dem innerdänischen Streit um die Vormundschaft der Söhne König Friedrichs II. und dessen Folgen für die Regentschaft in den Herzogtümern Schleswig und Holstein, zum anderen ergaben sie sich aus der strittigen Nachfolge der 1593 ausgestorbenen Grafen von Honstein.

Für das Herzogtum Holstein waren wohl infolge der unklaren Rechtslage sowohl König Christian IV. von Dänemark als auch dessen Mutter, Königinwitwe Sophie, als Vormundin ihrer anderen Söhne zum Reichstag geladen worden237. Während sich die nachfolgend in die Subskription des Reichsabschieds aufgenommenen Gesandten König Christians erst später akkreditierten238, hatten die Verordneten Königin Sophies als Vormundin ihrer Söhne Ulrich und Johann, Kanzler Dr. Wienhold Siebrandt und Hermann von der Becke, ihre Vollmacht bereits am 12. 5. 1594 der Mainzer Kanzlei übergeben239. Daraufhin sprachen dort am 17. 5. die beiden Gesandten König Christians vor, äußerten ihr Befremden über die Anmeldung namens der Königin und baten um die Vorlage von deren Vollmacht, um sich dazu erklären zu können. Die Mainzer Räte überließen den Gesandten, die sich ihrerseits noch nicht akkreditierten, eine Abschrift240. Die weiteren Verhandlungen vor einer kaiserlichen Kommission, veranlasst von einer Supplikation der Gesandten Christians IV. an den Kaiser vom 20. 5. 1594 mit der Beschwerde gegen die Zulassung der Verordneten Sophies im Zusammenhang mit deren bestrittenen Regierungsbefugnissen im Herzogtum Holstein, endeten mit dem Sessionsverzicht der Königin unter Vorbehalt aller Rechte241. Ihr Gesandter Siebrandt verließ den Reichstag bereits am 13. 7. (3. 7.)242.

Der Konflikt um die Vertretung der Grafschaft Honstein gründete in der strittigen Erbfolge nach dem Tod Ernsts VII., des letzten Grafen des Hauses, am 18. 7. 1593, indem Herzog Heinrich Julius von Braunschweig"–Wolfenbüttel als Bischof von Halberstadt sowie die Grafen von Schwarzburg und von Stolberg die Grafschaft jeweils für sich beanspruchten. Die Differenzen darum, die noch am Reichskammergericht anhängig waren, wurden indirekt auch in der eigenen Reichstagsvollmacht der Grafen243 angesprochen. Obgleich die Mainzer Kanzlei die Vollmacht der Grafen für Honstein am 9. 5. 1594 nur unter Vorbehalt angenommen hatte244, verwehrten sich die Gesandten Heinrich Julius’ mit einem Protest dagegen245 und legten zudem im protestantischen Religionskonvent Widerspruch gegen die Teilnahme der Grafen von Stolberg und von Schwarzburg für Honstein ein246.

Ebenfalls eng im Zusammenhang mit dem Aussterben der Grafen von Honstein stand der Konflikt um die Vertretung der Abtei Walkenried beim Reichstag. Obwohl das Ausschreiben für Walkenried an keinen der beiden Prätendenten, Herzog Heinrich Julius von Braunschweig"–Wolfenbüttel und Graf Karl Günther von Schwarzburg, gegangen war, sondern an den lange zuvor verstorbenen Abt Georg Kreite247, meldeten sich für die Abtei am 9. 5. 1594 zunächst Prior Liborius Hirsch und Joachim Delius mit einer Vollmacht des Herzogs als Administrator von Walkenried an248. Wenige Tage später, am 12. 5., akkreditierte sich der gräflich Schwarzburger Rat Mag. Nikolaus Maius mit einer Vollmacht Graf Karl Günthers erneut für das Stift249. Die Vollmacht250 beschränkte sich im Gegensatz zum Braunschweiger Kreditiv nicht auf die Nennung des Gesandten, sondern begründete zudem das Anrecht des Grafen auf Walkenried, indem er kraft der Bestätigung durch den Abt zu Altenkampen, des Mutterklosters von Walkenried, Gottfried Draeck, und durch den Generalabt des Zisterzienserordens, Edmond de Cruce251, sowie infolge der gemäß deren Befehl eingenommenen Pertinenzstücke des Klosters252 dessen legitimer Inhaber sei und in dieser Funktion Maius für den Reichstag beauftrage. Würde Herzog Heinrich Julius die Vertretung Walkenrieds ebenfalls beanspruchen, sollte Maius dies unter Protest zurückweisen. Eine Instruktion des Grafen nur zu dieser Problematik253 führte die Argumente weiter aus, während Heinrich Julius in seiner allgemeinen Instruktion für Braunschweig"–Wolfenbüttel254 eigens auf die Walkenrieder Frage einging und den Gesandten auftrug, gegen die erwartete Berufung Graf Karl Günthers auf die Bestätigung durch den Abt von Altenkampen „defectum fundamenti“ einzuwenden, nämlich die nicht erfolgte Wahl des Grafen, und dafür auf sein, des Herzogs, „decretum postulationis“ und die faktische Possession zu verweisen. Noch am 12. 5., dem Tag der Akkreditierung, berichtete Nikolaus Maius zusammen mit Abraham Fabri an Graf Albrecht VII. von Schwarzburg, er habe bei der Mainzer Kanzlei gegen die Braunschweiger Anmeldung für Walkenried protestiert und gebeten, Hirsch und Delius nicht zur Session zuzulassen255. Der Konflikt um die Vertretung Walkenrieds wurde zunächst im protestantischen Religionskonvent am 20. 5. 1594 offen ausgetragen256, bevor er am 6. 6. auch im Fürstenrat zutage trat. Dies veranlasste Maius zu einem Protest an die Reichsstände257, in dem er auf die Suspendierung der Walkenrieder Session wegen des Streits in der vorausgegangenen Sitzung des Fürstenrats258 durch Reichserbmarschall Alexander von Pappenheim für die Dauer des Reichstags verwies und den beiderseitigen Sessionsverzicht akzeptierte, das Anrecht Graf Karl Günthers auf das Stift aber nochmals ausführlich begründete und den Braunschweiger Anspruch als Konsequenz der rechtswidrigen gewaltsamen Einnahme sowie der nichtigen Wahl Heinrich Julius’ zurückwies. Der wenige Tage später übergebene Gegenprotest der von Braunschweig"–Wolfenbüttel für Walkenried abgeordneten Gesandten gegen die Schwarzburger Vollmacht259 stützte sich wie die Instruktion auf die rechtmäßige Postulation Heinrich Julius’ zum Administrator durch die Konventualen, auch mit dem Ziel, dass damit die im Stift gegründete Schule erhalten bleibe und nicht durch ‚Leute‘, die allein an den Stiftseinkünften interessiert seien, zerstört werde. Die Gesandten verwahrten sich gegen die Schwarzburger Akkreditierung für das Stift und beharrten auf der Gültigkeit ihrer Vollmacht. Im Fürstenrat spielte der Konflikt aufgrund der Suspendierung der Walkenrieder Session am 6. 6. keine Rolle mehr, auch wird Walkenried wohl ebenfalls als Folge der Suspendierung in der Subskription des Reichsabschieds nicht erwähnt260. Im protestantischen Religionskonvent setzte sich dagegen Braunschweig"–Wolfenbüttel mit der Session für Walkenried durch261, während Maius, der Schwarzburger Gesandte, Regensburg wohl bereits bald nach dem 6. 6. verließ und sich spätestens am 21. 6. wieder in Rudolstadt aufhielt262.